An assembly program for shotgun DNA sequences. Comes with crossmatch and swat sequence comparison programs.

Phrap fait partie de l'ensemble Phred-Phrap-Consed couramment utilisé pour l'assemblage des séquences. Phrap (Phragment Assembly Program) est un programme qui permet l'assemblage d'un génome à partir des résultats du phred. Il prend en entrée les fichiers «.phr» générés par le programme phred et gènère un fichier «.ace». On l'utilise en conjonction avec d'autres programmes tels que :

Phrap fait partie de l'ensemble Phred-Phrap-Consed couramment utilisé pour l'assemblage des séquences. Phrap (Phragment Assembly Program) est un programme qui permet l'assemblage d'un génome à partir des résultats du phred. Il prend en entrée les fichiers «.phr» générés par le programme phred et gènère un fichier «.ace». On l'utilise en conjonction avec d'autres programmes tels que : phd2fasta qui convertit les fichiers «.phr» au format fasta pris en charge par le programme phred. cross_match et swat qui masquent les séquences appartenant aux vecteurs et permettent ainsi d'éviter les erreurs d'interprétation. Des versions spéciales "séquences nombreuses" (plus de 64000) ou des séquences longues (plus de 64000 nucléotides) a été également installée sur les machines de GenOuest. Elles s'appellent phrap.longreads, phrap.manyreads, cross_match.manyread.